Am 5. Februar 1998 führte der Unterausschuss für Sicherheit und Abrüstung des Europäischen Parlaments eine Anhörung durch, die unter anderem HAARP behandelte.[7] Einziger Befragter, obwohl auch Vertreter der USA und NATO eingeladen waren, bei dieser Anhörung war der Buchautor und Geschäftsmann Nick Begich jr. Er vertritt die Meinung, dass die HAARP-Anlage für „geophysikalische Kriegführung“ genutzt werden könne. Er beruft sich dabei auf ältere erteilte amerikanische Patente, die jedoch aufgrund von Einschränkungen nicht realisierbar sind. Patente können in den USA unabhängig von ihrer Realisierbarkeit erteilt werden. So müsste zur Umsetzung eines der von Begich genannten Patente etwa ein Drittel des Strombedarfs der gesamten USA für eine derartige Anlage zur Verfügung stehen. Das Ergebnis dieser Anhörung ging in einen Entschließungsantrag an das Europäische Parlament ein, in dem Bedauern über die Informationspolitik der USA bezüglich HAARP und der Bedarf nach weiterer unabhängiger Forschung zu den Auswirkungen von HAARP ausgedrückt wird.
Trotz dieser Einschränkungen wird HAARP in Verschwörungstheorien als "Geheimprojekt"[8] bezeichnet und in Zusammenhang gebracht mit weltweit stattfindenden Naturkatastrophen wie Erdbeben, Überschwemmungen und Vulkanausbrüchen. Manchmal wird auch Gedankenmanipulation mittels ELF-Wellen unterstellt.[9] [10] Auch die BBC verbreitete in den 1990ern entsprechende Berichte. Allerdings konnte bisher kein kausaler Zusammenhang nachgewiesen werden, und es gibt andererseits schon seit langem andere Sendeanlagen, die mit vergleichbar hohen Strahlungsleistungen Rundfunkprogramme verbreiten. Die BBC setzt selbst seit Jahrzehnten Kurzwellensendeanlagen ein, die eine effektive Strahlungsleistung von über 100 MW erlauben. Radio Moskau erreichte schon in den 1980er-Jahren durch Zusammenschalten mehrerer starker Sender sogar effektive omnidirektionale Strahlungsleistungen von über 400 MW.
Auf der HAARP-Webseite ist zu lesen, dass der Betrieb und die Forschung nicht geheim sind und Forschungsergebnisse nicht geheimgehalten werden: „The HAARP program is completely unclassified. There are no classified documents pertaining to HAARP.“ Zivile Mitarbeiter der Anlage stammen von mehreren Universitäten oder privaten Firmen,[11] so von UCLA, MIT, University of Alaska, Stanford University, University of Massachusetts, Clemson University, Penn State University, Dartmouth College, University of Tulsa, University of Maryland und der Cornell University. Bilder der Anlage unterliegen ebenfalls keiner Geheimhaltung, und es gibt sogar zwei Webcams der HAARP-Anlage und eine Möglichkeit, online die gegenwärtigen Messergebnisse einzusehen und zu speichern. Auch gibt es regelmäßige „Tage der offenen Tür“, und Studenten können für Praktika in der HAARP-Station arbeiten.
